För de kostnader som uppkommer i samband med avvecklingen av Statens folkhälsoinstitut och Smittskyddsinstitutet, samt vid eventuell övertalighet som uppstår hos E-hälsomyndigheten respektive Folkhälsomyndigheten till följd av omorganisationen, disponerar Avvecklingsmyndigheten för vissa myndigheter inom vård- och omsorgsområdet delar av följande anslag inom utgiftsområde 9 Hälsovård, sjukvård och social omsorg: 

• 1:12 E-hälsomyndigheten
• 2:1 Folkhälsomyndigheten 

De finansiella villkoren återfinns i regleringsbreven för E-hälsomyndigheten respektive Folkhälsomyndigheten för budgetåret 2014.

Statens folkhälsoinstitut och Smittskyddsinstitutet har ansvaret för sina tillgångar och skulder t.o.m. den 31 december 2013. Avvecklingsmyndigheten övertar ansvaret fr.o.m. den 1 januari 2014 till den del de inte övertas av Folkhälsomyndigheten.

Övertagna avsättningar för omstruktureringskostnader, som inte har redovisats mot anslag hos de avvecklade myndigheterna, ska redovisas mot anslag i samband med övertagandet.

Avvecklingsmyndigheten behöver inte lämna en resultatredovisning, finanseringsanalys eller sammanställning av väsentliga uppgifter enligt bestämmelserna i förordning (2000:605) om årsredovisning och budgetunderlag. Inte heller jämförelsetal för resultat- och balansräkning samt noter behöver lämnas. I årsredovisningen ska dock en beskrivning av resultatet av verksamheten under den gångna perioden lämnas liksom en detaljerad särredovisning av kostnaderna för avvecklingen och hur de har finansierats samt hur övertalig personal respektive tillgångar och skulder har omhändertagits.