Myndighetens uppgifter framgår av förordningen (2010:654) med instruktion för Försvarsexportmyndigheten. Inom ramen för denna ska Försvarsexportmyndigheten under 2014

• Inrikta sin verksamhet med Försvarsmaktens operativa förmåga som utgångspunkt, i nära samverkan med Försvarsmakten. I enlighet med instruktionen ska myndigheten även samverka nära med Inspektionen för strategiska produkter.
• Prioritera fortsatt utveckling av myndighetens analysförmåga. Analysförmågan behöver öka i syfte att stärka statens förmåga att bedöma ekonomin i försvarsexportaffärer, hur försvarsexport bidrar till svensk försvars- och säkerhetspolitik, hur försvarsexportaffärer bidrar till Försvarsmaktens operativa förmåga samt förmågan att identifiera möjliga marknader.
• Utveckla metoder för att effektivt förvalta redan ingångna avtal.
• Efter uppdrag från Försvarsmakten sälja överskottsmateriel. Försvarsexportmyndigheten ska utföra sin exportrelaterade verksamhet med affärsmässighet. Kravet på affärsmässighet gäller även sådan försäljning av överskottsmateriel som myndigheten utför på uppdrag av Försvarsmakten.

Myndigheten ska bedriva sin verksamhet på sådant sätt att den bidrar till ökad transparens inom myndighetens verksamhetsområde.

Myndigheten ska redovisa vilka aktiva åtgärder som vidtagits för ökad transparens inom myndighetens ansvarsområde samt vilken effekt åtgärderna haft. Myndigheten ska även redovisa vilka krav på regelefterlevnad och bekämpning av korruption som ställs på de företag myndigheten stödjer med exportfrämjande aktiviteter samt vilka aktiviteter som vidtagits för att den egna myndighetens personal ska kunna verka för regelefterlevnad och bekämpande av korruption. 

Myndigheten ska i årsredovisningen lämna en separat resultatrapport över samtliga kostnader och intäkter i tjänsteexportverksamheten.

Myndigheten ska i samverkan med Försvarsmakten och Försvarets materielverk redovisa intäkter, kostnader och bedömda ekonomiska risker i samband med vidmakthållande, överlåtelse och upplåtelse av försvarsmateriel och materielsystem uppdelat per exportaffär. Myndigheten ska även redovisa kostnader, inklusive kostnadsminskningar, intäkter och risker i samband med utveckling som kan uppstå som en följd av exportaffärer. Därutöver ska myndigheten årligen redovisa de samlade kostnaderna och intäkterna vid export. Myndigheten ska också redovisa hur verksamheten bidragit till Försvarsmaktens operatvia förmåga.

Försvarsexportmyndigheten ska redovisa vilka åtgärder som vidtagits för att öka myndighetens analysförmåga. Redovisningen ska också innehålla en bedömning av hur analysförmågan ökat till följd av åtgärderna.

Myndigheten ska redovisa prognoser för 2014–2018 vid nedanstående prognostillfällen. Prognoserna ska kommenteras både i förhållande till föregående prognostillfälle och i förhållande till budgeten. Prognoserna lämnas i Hermes enligt instruktion från Ekonomistyrningsverket:

16 januari,

21 februari,

5 maj,

28 juli, samt

27 oktober.

Myndigheten ska fortsätta arbetet med att utveckla resultatindikatorer och nyckeltal för att förbättra redovisningen av verksamheten. Verksamheten ska analyseras och kommenteras samt redovisas så att anslagsförbrukningen för respektive verksamhetsområde och funktion framgår. Myndigheten ska även redovisa hur stor andel av anslaget som förbrukas för köp av konsulttjänster.  

Myndigheten ska i den utsträckning som krävs för att genomföra uppdraget bistå uppdragsutföraren i den utvärdering som kommer att göras av myndighetens verksamhet under 2014. 

Myndigheten ska, om möjligt, inom 24 timmar från mötets avslutande lämna en skriftlig rapport till Regeringskansliet (Försvarsdepartementet) från de internationella högnivåmöten som representanter från myndigheten deltagit i.

Myndigheten ska i samband med att Regeringskansliet begär underlag och analyser inom myndighetens ansvarsområde skyndsamt bekräfta att begäran mottagits och kontakta Regeringskansliet för att fastställa underlagets utformning och leveranstidpunkt.

Avgiftsinkomsterna från stöd till svensk försvarsindustri vid exportfrämjande åtgärder ska minst täcka de direkta kostnaderna för stödet. Eventuella intäkter från återtagande av materielprojekt ska redovisas mot inkomsttittel 3312017, övriga inkomster av försåld egendom. Av redovisningen ska framgå hur mycket återtagande totalt som inkommit uppdelat per exportaffär. Uppbördsverksamheten redovisas i hemlig bilaga till årsredovisningen.

Försvarsexportmyndigheten skall till Försvarets materielverk eller i förekommande fall Försvarsmakten utbetala belopp från Försvarsexportmyndighetens intäkter avseende försäljning och uthyrning av JAS 39 C/D till annan nation samt försäljning av JAS 39 E till Schweiz, inklusive respektive tjänster. Beloppet ska utgöra kostnadsbidrag för utvecklingen och ombyggnationen av JAS 39 C/D till JAS 39 E samt täcka kostnader som uppstått vid Försvarsmakten och Försvarets materielverk för materiel och verksamhet förknippade med respektive försäljningar.