Regeringen tecknar överenskommelser med Sveriges Kommuner och Landsting för 2012 inom en rad viktiga områden. Följande överenskommelser berör Smittskyddsinstitutet: 

• statens ersättning till landstingen för kostnader för läkemedelsförmånerna m.m. (läkemedelsavtalet)
• nationella läkemedelsstrategin
• förbättrad patientsäkerhet
• vissa ersättningar till utvecklingsområden inom hälso- och sjukvården (Dagmaröverenskommelsen)
• insatser mot hiv/aids (överenkommelse om vissa ersättningar inom folkhälsoområdet) 
• kvalitetsregister

Myndigheten ska där den berörs delta i arbetet med överenskommelsernas genomförande.

Smittskyddsinstitutet ska redovisa hur stor andel av gemensamma administrationskostnader som täcks av bidrag från externa medel, inklusive eventuella förändringar och skillnader mellan olika områden.

Smittskyddsinstitutet ska redovisa prognoser för 2012–2016 vid nedanstående tidpunkter. Prognoserna ska kommenteras både i förhållande till föregående prognostillfälle och i förhållande till budgeten. Prognoserna lämnas i Hermes enligt instruktion från Ekonomistyrningsverket 

den 18 januari,

den 22 februari,

den 3 maj,

den 30 juli,

den 26 oktober.

Smittskyddsinstitutet ska följa och analysera Patientsäkerhetssatsning 2012 - Överenskommelsen mellan staten och Sveriges Kommuner och Landsting om förbättrad patientsäkerhet, nedan Överenskommelsen, i de delar som avser minskad antibiotikaförskrivning. 

I uppdraget ingår följande.

• Att bedöma om respektive landsting har minskat sin förskrivning av antibiotika i den omfattning som anges i Överenskommelsen. En lägesrapport ska lämnas till Socialstyrelsen senast den 31 augusti 2012. 
• Att bedöma om respektive landsting, i enlighet med det uppdrag som respektive landsting givit till de lokala Stramagrupperna, har verkat för att öka följsamheten till Läkemedelsverket och Smittskyddsinstitutets/Stramas behandlingsrekommendationer för vanliga infektioner i öppenvård som anges i Överenskommelsen.

Uppdraget ska redovisas till Socialstyrelsen och Regeringskansliet (Socialdepartementet) senast den 25 oktober 2012.

Kostnaderna för uppdraget finansieras via anslag 1:6 Bidrag till folkhälsa och sjukvård, anslagspost 14 Patientsäkerhet.

Smittskyddsinstitutet ska ta fram underlag för anslaget 2:7 Insatser mot hiv/aids och andra smittsamma sjukdomar inom utgiftsområde 9. Underlaget ska innehålla kortfattad information om bidragets användning under 2011 samt uppnådda resultat och identifierade behov av framtida förändringar. 

1. Insatser mot hiv/aids och andra smittsamma sjukdomar

Senast den 1 juni 2012 ska ett underlag inkomma till Regeringskansliet (Socialdepartementet), angående fördelningen av statsbidraget 2:7 Insatser mot hiv/aids och andra smittsamma sjukdomar för 2013 samt för den övergripande inriktningen av arbetet under nästkommande treårsperiod med start 2013. I underlaget ska också redovisas utredningsuppdrag, enligt följande.

• framtagande av underlag inför framtida överenskommelser
• utvärdering av satsningen på kunskapsuppbyggnad och kunskapsförmedling
• plan för fortsatt genomförande av den nationella kommunikationsstrategin samt
• underlag för uppdatering av fördelningsnyckel för bidraget till Stockholms kommun, Stockholms läns landsting, Göteborgs kommun, Västra Götalands läns landsting, Malmö kommun samt Skånes läns landsting.

2. Uppdrag om behandlingsriktlinjer för infektioner i öppenvården

Regeringen uppdrog i beslut I:4 den 6 oktober 2011 åt Smittskyddsinstitutet att påbörja en utvärdering av behandlingsrekomendationer för vanliga infektioner i öppenvården. Regeringen uppdrog vidare åt Smittskyddsinstitutet och Läkemedelverket att i samverkan genom expertmöten påbörja en revidering av behandlingsrekommendationen för faryngotonsillit (halsfluss), starta arbetet med nya behandlingsrekommendationen för infektioner i tandvården samt utveckla en plan för revidering av övriga nu gällande behandlingsrekommendationer. 

Uppdraget ska redovisas till Regeringskansliet (Socialdepartementet) senast den 1 februari 2013. En delredovisning avseende användandet av behandlingsrekommendationer för vanliga infektioner inom öppenvården och uppdaterad behandlingsrekommendation för faryngotonsillit respektive infektioner i tandvården ska lämnas till Regeringskansliet (Socialdepartementet) senast den 30 juni 2012.

Kostnaderna för uppdraget finansieras via anslag 1:6 Bidrag till folkhälsa och sjukvård, anslagspost 14 Patientsäkerhet.

3. Uppdrag om registrering och kommunikation av utbrott av vårdrelaterad smitta

Regeringen uppdrog i beslut I:8 den 3 november 2011 åt Smittskyddsinstitutet att analysera om det bör utvecklas ett verktyg för nationell registrering och kommunikation som indikerar möjliga smittoutbrott inom hälso- och sjukvården (Kommunikationsverktyget för utbrott av vårdrelaterad smitta). Uppdraget ska fortsätta 2012 och redovisas till Regeringskansliet (Socialdepartementet) senast den 1 juli 2012.

Kostnaderna för uppdraget finansieras via anslag 1:6 Bidrag till folkhälsa och sjukvård, anslagspost 14 Patientsäkerhet.

4. Uppdrag om övervakning av antibiotikaresistens

Regeringen uppdrog i beslut I:2 den 31 maj 2011 till Smittskyddsinstitutet att bl.a. utforma en nationell plan för övervakning av antibiotikaresistenta bakterier och att vidareutveckla och underhålla den nationella databasen med antibiotikaresistensdata (Svebar). Uppdraget fortgår 2012 och Smittskyddsinstitutet ska fortsatt arbeta för att implementera Svebar i hälso- och sjukvårdens laboratoriesystem, att utveckla databasens funktioner och att förankra den nationella planen för övervakning av antibiotikaresistenta bakterier i hälso- och sjukvården. 

Kostnaderna för uppdraget finansieras via anslag 1:6 Bidrag till folkhälsa och sjukvård, anslagspost 14 Patientsäkerhet.

5. Lägesrapport beträffande skyddet mot spridning av allvarlig smitta

Smittskyddsinstitutet ska i samarbete med Socialstyrelsen senast den 31 mars 2012 lämna en lägesrapport om tillståndet och utvecklingen av medborgarnas skydd mot spridning av allvarlig smitta.

Smittskyddsinstitutet ska kunna använda och samverka med det gemensamma radiokommunikationssystemet Rakel. Smittskyddsinstitutet ska betala totalt 132 000 kronor till Myndigheten för samhällsskydd och beredskap som abonnemangsavgift för detta system. Beloppet ska betalas efter fakturering från Myndigheten för samhällsskydd och beredskap.

I enlighet med förordningen (2006:93) om statsbidrag till verksamhet inriktad mot hiv/aids och vissa andra smittsamma sjukdomar ska högst 20 907 000 kronor betalas ut till frivilligorganisationer som bedriver hivpreventivt arbete. Syftet med bidraget är att förebygga spridning eller minska konsekvenserna av hiv/aids och andra sexuellt överförbara och blodburna sjukdomar.

Av anslaget ska 95 000 000 kronor betalas ut i enlighet med överenskommelsen mellan staten och Sveriges Kommuner och Landsting om vissa ersättningar inom folkhälsoområdet för år 2012.

Av anslaget ska högst 29 595 000 kronor användas till finansiering av insatser på nationell nivå och till övergripande samordning och uppföljning m.m. Medlen får inte användas för Smittskyddsinstitutets egna löpande verksamhet.  

Smittskyddsinstitutet disponerar erhållna avgifter.

Utan hinder av den begränsning som följer av 4 § andra stycket avgiftsförordningen (1992:191) får Smittskyddsinstitutet ta ut avgifter för varor och tjänster med stöd av 4 § första stycket. 

Smittskyddsinstitutet får ta emot bidrag från såväl statliga som icke-statliga finansiärer för forsknings- och utvecklingsverksamhet. Bidragsintäkterna disponeras av myndigheten.