Målet för verksamheten är att uppnå god djur- och folkhälsa och genom forsknings- och utvecklingsarbete förbättra kunskaperna om smittor, öka säkerheten i foder och i djurhållningen.
För allvarliga sjukdomar som finns i Sverige är målet att dokumentera sjukdomssituationen, att begränsa skadeverkningarna och att i samarbete med Statens jordbruksverk och branschorganisationer upprätta kontroll- och bekämpningsprogram för sjukdomar.
För allvarliga sjukdomar som inte finns i Sverige är målet att dokumentera frihet från sjukdomar, att förebygga och förhindra att sjukdomar kommer in i landet, att ha beredskap att snabbt diagnostisera och bekämpa sjukdomar vid ett eventuellt sjukdomsutbrott.
SVA skall redogöra för
- sjukdomssituationen i Sverige och därvid göra jämförelser över tiden och med övriga Europa samt åtgärder som vidtagits för att begränsa zoonoser och andra infektionssjukdomar och dessas skadeverkningar under de senaste fem åren samt kostnader för detta,
- beredskapen mot allvarliga infektionssjukdomar, epizooti- och övrig sjukdomsberedskap, diagnostisk beredskap och vaccinberedskap samt vilka åtgärder som vidtagits för att höja beredskapen under de senaste fem åren och kostnaderna för dessa myndighetsuppgifter,
- den samlade verksamheten för respektive djurslag,
- resistensläget mot antibiotika inom olika former av djurhållning och hur de specifika medlen har använts,
- för insatserna på foderområdet såsom att begränsa förekomsten av smittförande toxiska ämnen i foder och kostnaderna därför,
- EU-arbetet och kostnaderna därför,
- senast den 1 mars 2003, hur forsknings- och utvecklingsarbetet med smittor i kretslopp och ökad fodersäkerhet har fortskridit och hur de specifika medlen har använts.